Wyspy Galapagos położone są w strefie klimatu subtropikalnego. Do niedawna wyraźnie można było rozróżnić dwie pory suche i dwie deszczowe, ale zjawiska takie jak El Nino spowodowały znaczne zaburzenia tego cyklu i dzisiaj pogoda jest niestety dużo mniej przewidywalna. W okresie od sierpnia do listopada jest największe prawdopodobieństwo spotkania rekinów wielorybich i ten okres uważa się za najlepszy do nurkowania na Galapagos.

Średnia temperatura wody:
kwiecień - listopad: wyspy środkowe - 20°C ; Wolf i Darwin - 24°C
grudzień - marzec: wyspy środkowe - 24°C ; Wolf i Darwin - 27°C